Linux的hmm命令 Linux dh命令
linux sublime text 3怎么调试c++11标准
关于Sublime text3配置编译环境使其支持C++11,在网上找了很多，却发现大部分材料都对Linux和Windows下的环境配置没有做区分，无独有偶在网上找到了一个老外写的有关配置sublime Text3 的内容，十分详细，而且还可以解决在sublime text下编译运行C++不能输入的问题，感觉比国内某些文章写的好多了，特摘抄下来，方便日后使用：
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# Why sublime-text?
# Because, it is lightweight, portable, and runs on Win/Linux/MacOS.
# and it is really awesome.
# it is more flexible and extensible.
# You can turn your Sublime-text editor into a FULL featured IDE.
# I really use it for C/C++/HTML/JS/CSS/Python/Java, and it is great.
# Sublime-Text Editor is more real, because it allows you to customize almost everything.
# For Compiled languages, you can use pre-built BUILD SYSTEM or create your own.
# Snippet, that is a great idea and that would be great if you learn, how to write snippet and use them.
Linux中查看不到crontab，输入安装命令[root@HMM ~]# yum -y install vixie-cron 后，依旧无crontab
输入crontab试试有没有命令，没有的话安装：
yum install crontabs -y
怎么使用hmmer比对多个query基因
hmmer下载与安装
对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统，用源代码编译安装：
% wget % tar zxf hmmer-3.0.tar.gz % cd hmmer-3.0 % ./configure % make % make check
windows系统，直接下载二进制压缩包，解压就可以使用。
hmmer包含的程序
phmmer： 与Blastp类似，使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库；
phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa
jackhmmer： 与psiBlast类似，蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库；
jackhmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa
hmmbuild： 用多重比对序列构建HMM模型；
hmmsearch： 使用HMM模型搜索序列库；
hmmscan： 使用序列搜索HMM库；
hmmalign： 使用HMM为线索，构建多重比对序列；
hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa
hmmconvert： 转换HMM格式
hmmemit： 从HMM模型中，得到一个模式序列；
hmmfetch： 通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型；
hmmpress：格式化HMM数据库，以便于hmmscan搜索使用；
hmmstat： 显示HMM数据库的统计信息；
使用HMM模型搜索序列数据库
使用hmmbuild构建HMM模型，输入为Stockholm格式或者FASTA格式的多重比对序列文件（如：tutorial/globins4.sto），命令如下：
hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
globins4.hmm为输出的HMM模型
使用hmmsearch搜索蛋白质序列数据库，蛋白质序列数据库为FASTA格式，命令如下：
hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta globins4.out
globins4.out为输出的结果文件，如下：
*示例使用官方教程中的示例
使用蛋白质序列搜索HMM数据库
构建HMM数据库，HMM数据库是包含多个HMM模型的文件，可以从Pfam、SMART、TIGRFams下载，也可以自己由多重比对序列集中构建，如：
hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto
hmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.sto
cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm minifam
使用hmmpress格式化数据库，包括压缩以及创建索引，命令如下：
hmmpress minifam
这个步骤可以很快的执行完成，输出的内容如下：
Working… done.
Pressed and indexed 3 HMMs (3 names and 2 accessions).
Models pressed into binary file: minifam.h3m
SSI index for binary model file: minifam.h3i
Profiles (MSV part) pressed into: minifam.h3f
Profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p
使用hmmscan搜索HMM数据库，命令如下：
hmmscan minifam tutorial/7LESS_DROME
linux的一个问题
疑惑应该主要在第1点，我的理解是这样的：
第1步的编译，依赖于Vlfeat, Cplex, GSL Cblas（可能用到了里面的文件，假设是a.h），因此直接编译的话是编译不过的，需要你给出这几个文件的路径，
然后编译器才能知道要去哪里找a.h，需要在makefile中加类似如下的信息：
MYINC=-I../../../util/ -I../../include/ -I../../../include/ \ //这里面是Vlfeat, Cplex, GSL Cblas的路径
-I../test/ -I../../util/
而Vlfeat, Cplex, GSL Cblas是什么东西我就不清楚了，因为第1中要求modify，建议你把makefile给出来，有助于大家解答
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