TSCD数据库有什么用
这篇文章给大家分享的是有关TSCD数据库有什么用的内容。小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，一起跟随小编过来看看吧。
目前创新互联已为上千家的企业提供了网站建设、域名、雅安服务器托管、网站托管、服务器租用、企业网站设计、元江县网站维护等服务，公司将坚持客户导向、应用为本的策略，正道将秉承"和谐、参与、激情"的文化，与客户和合作伙伴齐心协力一起成长，共同发展。
TSCD是Tissue-Specific CircRNA Database的简写,通过软件预测人和小鼠不同组织中的环状RNA,然后去寻找组织特异性的环状RNA。该数据库网址如下
http://gb.whu.edu.cn/TSCD/
从ENCODE和GEO这两个公共数据库中收集人和小鼠不同组织的转录组测序数据，然后利用以下3款软件识别其中的环状RNA
find_circ
CIRI
circRNA_finder
选取三款软件的并集作为最终的结果,为例降低假阳性率，只保留junction reads个数大于2的环状RNA。采用上述策略检测到所有组织中的环状RNA之后，接下来就可以识别组织特异性的环状RNA。
该数据库中,将只在某一个组织中表达的环状RNA定义为组织特异性的环状RNA, 简称TS circRNA,示意如下
识别到TS circRNA之后，后续还进行了以下3种分析
筛选表达量高的TS circRNA, 对其来源基因进行GO富集分析
预测miRNA结合位点，从环状RNA头尾各取50bp序列，用targetscan来预测这100bp序列上的miRNA结合位点
预测蛋白结合位点，从starbase数据库下载CLIP-Seq的数据，同样分析头尾个50bp区域上的蛋白结合位点
将以上所有的结果整合起来，就构建成了TSCD数据库，整个数据库构建的流程示意如下
官网提供了不同基因组版本供我们查阅，示意如下
点击Gene Symbol,可以查看该环状RNA在不同组织中的表达量，示意如下
点击MRE可以查看环状RNA可以结合的miRNA,示意如下
点击RBP可以查看环状RNA可以结合的蛋白,示意如下
该数据库不仅提供了一个环状RNA的集合，还提供了MRE,RBP等对应的功能注释信息。
感谢各位的阅读！关于“TSCD数据库有什么用”这篇文章就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，让大家可以学到更多知识，如果觉得文章不错，可以把它分享出去让更多的人看到吧！
网站栏目：TSCD数据库有什么用
网站URL：http://shouzuofang.com/article/gcohdp.html