velvet怎么安装使用
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velvet是由EMBL-EBI开发的一款基因组组装工具
安装过程如下
wget https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.2.10.tgz tar xzvf velvet_1.2.10.tgz cd velvet_1.2.10/ make 'MAXKMERLENGTH=127'
默认情况下，velvet支持的kmer最大长度为31bp, 如果想要只会更大长度的kmer,在编译时需要设置MAXKMERLENGTH的值。编译完成后，会生成如下两个可执行文件
velveth
velvetg
软件的运行过程对应的也分成两步
1. velveth
用法如下
velveth Assem 31 -shortPaired -fasta -separate left.fa right.fa
第一个参数Assem, 代表输出结果的目录；shortPaired指定测序类型，fasta指定输入的序列格式。
对于二代测序平台的数据，常用的测序类型包括以下两种情况
short
shortPaired
short用于单独数据，shortPaired用于双端数据。输入的序列文件支持以下格式：
fasta/fasta.gz
fastq/fastq.gz
sam/bam
通过不同的参数指定输入文件的格式，-fasta对应fasta格式；-fastq对应fastq格式，-fastq.gz对应fastq.gz格式，-fasta.gz对应fasta.gz格式，-sam对应sam格式，-bam对应bam格式。
对于双端数据，有以下两种格式
interleaved
separate
R1和R2端序列保存在两个文件中，就是separate格式；interleaved是双端序列的一种格式，R1端和R2端的序列保存在一个文件当中，每一条序列的R1端之后紧跟着就是R2端序列；对于双端测序，默认是interleaved格式，如果是separate格式，要显示的声明。
还需要注意的一个用法就是kmer长度，在实际分析时，通常会采用一系列的kmer长度分别组装，然后挑选一个最佳的结果。velvet 的kmer参数可以设置为一个梯度，示例如下
velveth Assem 31,37,2 -shortPaired -fasta -separate left.fa right.fa
上述用法中的31,37,2表示从kmer=31开始组装，然后进行递增，步长为2，依次进行33, 35， 37共4个kmer长度的组装。这样的参数设计非常的贴合实际需求。
运行结束后，会在输出目录生成以下文件
Sequences
Roadmaps
2. velvetg
基本用法如下
velvetg Assembly/ -min_contig_lgth 100
第一个参数为上一步的输出目录，min_contig_lgth代表contig的最小长度，小于该长度的contig会被删除，不会出现在最终的结果中。
运行结束后，输出目录下的contigs.fa就是最终的组装结果。
到此，相信大家对“velvet怎么安装使用”有了更深的了解，不妨来实际操作一番吧！这里是创新互联网站，更多相关内容可以进入相关频道进行查询，关注我们，继续学习！
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