Leucaenatrichandra线粒体基因组举例分析
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将路径改和数据替换为自己的以后运行脚本，遇到报错
[Pomgroup@localhost Pome_Mito_practice]$ bash Iternative_assembly_Pome_Mito.sh
Iternative_assembly_Pome_Mito.sh: line 2: $'\r': command not found
Iternative_assembly_Pome_Mito.sh: line 4: syntax error near unexpected token `$'\r''
'ternative_assembly_Pome_Mito.sh: line 4: `
sed -i 's/\r$//' Iternative_assembly_Pome_Mito.sh
首先是blasr比对 用法是
blasr nanopore.fastq reference.fasta --nproc 16 > blasr.out
操作输出结果blasr.out
awk '{a=$8-$7;print $0,a;}' blastr.out
第8列减去第7列赋值给a并且将a添加到文件的最后一列
awk '{a=$8-$7;print $0,a;}' blastr.out | sort -n -r -k14,14
按照第14列倒叙排列
awk '{a=$8-$7;print $0,a;}' blastr.out | sort -n -r -k14,14 | awk '$14>500'
第14列大于500的行
awk '{a=$8-$7;print $0,a;}' blastr.out | sort -n -r -k14,14 | awk '$14>500' | cut -d ' ' -f1,1
以空格作为分隔符分割然后提取第一列 这样就得到了比对长度大于500的fastq的reads的id
grep -F -x -v -f
这行命令是干什么的还不知道
seqtk subseq nanopore.fasta ids.txt > aligned.fastq
canu -p hehuan -d hehuan-oxford genomeSize=2000k -nanopore-raw aligned.fastq感谢各位的阅读，以上就是“Leucaena trichandra线粒体基因组举例分析”的内容了，经过本文的学习后，相信大家对Leucaena trichandra线粒体基因组举例分析这一问题有了更深刻的体会，具体使用情况还需要大家实践验证。这里是创新互联，小编将为大家推送更多相关知识点的文章，欢迎关注！
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